1. Merusak tanah dan mengganggu keseimbangan hara.
Sisa zat kimia yang tidak terserap tanaman, akan mengikat tanah atau membuatnya menjadi padat sehingga tanah tidak lagi gembur. Jika hal ini terjadi, maka tanah akan sangat semakin ketergantungan terhadap pupuk kimia.
2. Membunuh organisme dan mikroorganisme
Tanah yang tidak gembur akan mematikan atau mengurangi populasi organisme-organisme pembentuk unsur hara atau organisme yang menyuburkan tanah.
3. Menghambat pembusukan bahan organik
Mikroorganisme pengurai yang tersisa tidak akan bisa mengurai bahan-bahan organik di tanah dengan sempurna. Hal ini tentu saja mempengaruhi tingkat kesuburan tanah ke depannya.
4. Menghambat penyerapan zat hara oleh akar
Pupuk kimia yang dibuat secara berlebihan ke tanah dapat membuat akar tanaman menjadi lunak.
5. Mempengaruhi hasil panen
Sebagaimana telah dijelaskan di atas, penggunaan pupuk kimia berkepanjangan menyebabkan banyak kerusakan, baik kerusakan unsur-unsur tanah, matinya mikroorganisme pengurai bahan organik, bahkan kerusakan pada bagian tubuh tanaman.